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行業(yè)新聞
大規(guī)模單細胞測序時代開啟
行業(yè)新聞 2018-11-15

近期,Nature Methods發(fā)表了數(shù)篇關于大規(guī)模單細胞測序儀相關文章,包括文庫制備、測序方法、分析方法等,這里介紹其中的幾篇。

一:Scalable whole-genome single-cell library preparation without preamplification

文章介紹了直接文庫準備(DLP)方法,一種穩(wěn)定、可擴展、高保真的方法。用納升體積的轉(zhuǎn)位反應制備單細胞全基因組文庫,不需要預擴增。文章檢測了782個細胞,結果表明,與現(xiàn)有方法相比,低深度測序顯示出更大的均一覆蓋度和更可靠的拷貝數(shù)變化。


單細胞測序儀_大規(guī)模單細胞測序時代開啟
   

二:Effective detection of variation in single-cell transcriptomes using MATQ-seq

文章報道了一種高靈敏度的
單細胞測序儀總RNA定量測序方法,即利用多重退火和基于dC尾定量的單細胞RNA測序方法(MATQ-seq)。文章用該方法獲得了單細胞測序儀全轉(zhuǎn)錄組之間的生物學變異。

三:Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing

文章提出了
單細胞測序儀胞組合標引測序方法(SCI-seq),同時產(chǎn)生成千上萬個單細胞文庫,檢測體細胞拷貝數(shù)變異。文章構建了16698個單細胞文庫,包括培養(yǎng)細胞系、靈長類前額皮質(zhì)組織和兩個人類腺癌組織,并詳細分析了胰腺腫瘤亞克隆變異。

單細胞測序儀_大規(guī)模單細胞測序時代開啟


四:Single-cell mRNA quantification and differential analysis with Census

本文作者將人口普查算法引入RNA-seq數(shù)據(jù)分析,將相對RNA-seq表達水平轉(zhuǎn)換為相對轉(zhuǎn)錄量,而不需要加標對照。該方法能顯著提高準確度。

五:Massively multiplex single-cell Hi-C

該篇文章針對染色體的結構,提出了基于多重標引的
單細胞測序儀Hi-C技術。


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